在一所贵族女校里，新来的历史老师苏野极受欢迎。他总能用故事般的语言讲述枯燥的历史，深得学生喜爱。但没人知道，苏野每周三晚上都会私下对两名特殊的学生进行“秘密授课”——内容是连教科书都不敢记载的“历史的另一面”。这些被隐藏的历史真相，正与这两名学生的身世息息相关。
秘密被校董会发现，苏野面临被开除。最后一课上，他不再讲历史，而是讲了一堂关于“如何守护真相”的课。两位学生用课堂上学会的推理技巧，在全校面前洗清了老师的嫌疑。
通过秘密授课学到的知识，两名学生成功破译了学校档案室的密码，找到了关于自己父母失踪案的官方记录，上面赫然盖着“极密”的红色印章。
苏野揭示了两位学生中的一个，其实是当年某国间谍的后代。她的祖母为了保护战友，牺牲了自己，留下了被篡改的烈士名单，真相令她震撼。
这堂课讲的是“淘金热”背后的金融战争。苏野用真实的数据证明，历史上著名的“黄金城”传说，其实是几个银行家为了操纵股市而编造的弥天大谎。
苏野拿出一张没有标注任何国家名称的古代地图，让两位学生根据他讲的气候变迁知识，重新绘制出符合历史政治格局的边界线，这令她们恍然大悟。
苏野在夜里按响了两名学生宿舍的门铃，递给他们一本没有封面的手稿，低声说：“下周三开始，来我的办公室。这本书上的内容，才是真正的历史。”